Только что прочитал заметку про трехсписочный GTD, сам придерживаюсь примерно такого же способа, но использую для этого не заметки в evernote, а задачи в gmail. Там их удобно отмечать выполненными и перетаскивать по списку в другое место. Кроме того gmail это, наверно, самый часто используемый мною сервис, который всегда под рукой.
Правда я не сохранял выполненные и просроченные дела, о чем теперь жалею. По примеру из заметки решил завести отдельный список для их сохранения.
Перепробовал кучу программ для ведения дел, от самых простых до огромных монстров, но так и не ушел с задач gmail. Хотя из последних понравилась wunderlist, очень симпатичная программа.