В PhpStorm есть возможность запускать консольные php-скрипты на удаленной системе. Для этого достаточно иметь к ней ssh-доступ. Для того чтобы заработал удаленный запуск, вам нужно настроить деплоймент конфигурацию. Обязательно задайте маппинг, без этого