В PhpStorm есть возможность запускать консольные php-скрипты на удаленной системе. Для этого достаточно иметь к ней ssh-доступ.

Для того чтобы заработал удаленный запуск, вам нужно настроить деплоймент конфигурацию. Обязательно задайте маппинг, без этого работать не будет. Деплоймент конфигурация нужна даже если вы не деплоите из phpstorm, а примонтировали папку через sshfs или nfs.

После этого нужно пойти в настройки php проекта (в текущей версии phpstorm это Languages & Frameworks -> PHP), создать там новый ремотный интерпретатор и выбрать соответствующую деплоймент конфигурацию. После этого выбираете созданный интерпретатор текущим для проекта и можете запускать любой скрипт на выполнения прямо из IDE и тут же видеть результат его работы. Для этого в контектстном меню есть пункт Run <script name>.

Приятное дополнение, что если у вас на сервере установлен xdebug, то можно запустить скрипт с дебагом даже если в php.ini не установлена опция xdebug.remote_autostart.

Но и это еще не все, если вам нужно запускать на сервере PHPUnit, то это PhpStorm тоже может. Настроить это можно в секции PHPUnit настроек проекта. Там нужно создать ремотную конфигураци и выбрать соответствующий интерпретатор. Таким образом если вы будете менять интерпретатор для проекта у вас автоматом будет подхватываться соответствующая конфигурация для PHPUnit. После этого создаете обычную Run configuration для PHPUnit (не перепутайте с PHPUnit by HTTP!) и можно запускать тесты.